RORγtトランスジェニックマウスの海馬RNA-seqデータ論文が公開されました
当研究室のRORγtトランスジェニックマウスと野生型同腹仔の海馬RNA-seqデータに関する論文が、Data in Briefでオンライン公開されました。雄マウスから得られたデータについて、試料の情報、シーケンスデータの品質、解析手順をまとめたデータ論文です。従来の参照ゲノムmm10による発現量データに加え、GRCm39を用いた再解析の結果も整理しました。研究で得られたデータを、ほかの研究者が利用できる形で残すことも大切な仕事です。元のデータはGEOに、統合したFASTQファイルやGRCm39へのアラインメントデータなどはFigshareに公開しています。今回のデータが、別の視点からの再解析や、解析手法の比較・検証に役立つことを期待しています。
Sasaki T*, Sanaka S, Nakamura K, Iwata S, Morikawa M, Takei Y. Bulk RNA sequencing dataset of hippocampi from RORγt transgenic mice and wild type littermates. Data in Brief, 113361. 2026. In press, Journal Pre-proof.
2026年10月17日オンライン公開。
Abstract
This dataset comprises bulk RNA-sequencing data from bilateral hippocampi of six untreated, 10-week-old male mice: three heterozygous RORγt-transgenic mice and three wild-type littermates on a C57BL/6 background. Total RNA was extracted using TRIzol, and RNA integrity numbers ranged from 8.1 to 8.6. Ribosomal RNA-depleted, directional libraries were prepared from 500 ng of RNA per sample and sequenced on an Illumina NextSeq 500 with a 2 × 36-bp paired-end configuration. The received reads were 35 or 36 bases long. The 48 original compressed FASTQ files were consolidated into 12 files, preserving 83,357,563 read pairs and their pairing. Original mm10 count and RPKM matrices each contain 49,585 feature entries. An additional GRCm39 reanalysis using Ensembl release 116 provides gene-level fragment counts for 78,348 annotated features, coordinate-sorted alignments and sample-level exploratory analyses. FastQC and MultiQC reports describe raw-read quality, and principal component analysis summarizes variation across all six samples. Original sequencing data and expression matrices are deposited in NCBI Gene Expression Omnibus under accession GSE347403.
Keywords: Neuroimmune interactions; Rorc; Mus musculus; Paired-end sequencing; Gene expression matrix; Data reuse
公開データ
- GEO：GSE347403 — 元のシーケンスデータ、遺伝子発現量データおよび追加の再解析データ
- Figshare：統合FASTQファイルとGRCm39アラインメントデータ — FASTQ、BAM・BAIファイル、品質評価レポート、解析記録など
